Tondisaarel pesitsevad jõgitiirud, naeru-, kala- ja hõbekajakas ning tuttvart. Pesitsemas on nähtud ka sinikael- ja luitsnokk-parti, jääkosklat, rägaparti ja tuttpütti. Tondisaar on ainuke sisemaal asuv koht, kus alates 1990. aastate keskpaigast pesitsevad kormoranid. 2004. aasta aprillis loendati puude otsas 25 kormoranipesa, millest osa võis olla maha jäetud.